“河長制”有望上升為一項法律制度。6月22日，《水污染防治法修正案（草案）》提請十二屆全國人大常委會第二十八次會議二審。澎湃新聞注意到，草案一審時，曾有全國人大常委會組成人員建議將河長制寫入其中。此次二審草案回應了這一建議，增加了“河長制”的相關規定。
2016年12月11日，中共中央辦公廳、國務院辦公廳印發了《關于全面推行河長制的意見》（以下簡稱《意見》），提出由黨政領導擔任河長，依法依規落實地方主體責任。全面推行河長制，以進一步加強河湖管理保護工作，落實屬地責任，健全長效機制。
《意見》要求，各級河長負責組織領導相應河湖的管理和保護工作，包括水資源保護、水域岸線管理、水污染防治、水環境治理等，牽頭組織對侵占河道、圍墾湖泊等突出問題依法進行清理整治，協調解決重大問題；對跨行政區域的河湖明晰管理責任，協調上下游、左右岸實行聯防聯控。
水污染防治法修正案草案一審時，有全國人大常委會組成人員、部門和社會公眾提出，兩辦印發《意見》，草案應當體現建立河長制的精神。
全國人大法律委員會經研究，決定采納這一建議，故在草案二審稿中增加規定：省、市、縣、鄉建立河長制，分級分段組織領導本行政區域內江河、湖泊的水資源保護、水域岸線管理、水污染防治、水環境治理等工作。
在草案一審時，有些地方和社會公眾提出，限期達標規劃是推動地方政府不斷改善水環境質量的重要措施，為督促限期達標規劃確定的目標和任務如期完成，應參考新修訂的大氣污染防治法，增加規定地方政府向本級人大報告水環境質量限期達標規劃執行情況。
草案二審稿采納了上述意見，增加規定：市、縣級人民政府每年在向本級人民代表大會或者其常委會報告環境狀況和環境保護目標完成情況時，應當報告水環境質量限期達標規劃執行情況，并向社會公開。
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